მიუხედავად იმისა, რომ ილია ჭავჭავაძის სახელობის ქუთაისის საჯარო ბიბლიოთეკა მდიდარია იშვიათი გამოცემებით, ხელნაწერთა ფონდი ამ ძველთაძველ წიგნთსაცავში დღემდე არ არსებობდა. პირველი ხელნაწერი, რომელმაც მსგავსი ფონდის შექმნის იდეა წარმოშვა, აკადემიკოს შალვა ნუცუბიძის ხელნაწერი იყო, ის ბიბლიოთეკას საჩუქრად ფარცხანაყანევის საჯარო სკოლის დირექტორმა - მურად ფხაკაძემ გადასცა. ეს ხელნაწერებია რეცენზია - „ესთეტიკის ისტორიის 3 ტომისათვის“ და ნაშრომი - „აღმოსავლეთისა და დასავლეთის აზროვნება ანტიკური ფილოსოფიის ათვისებაში – 3 ანოტაცია“.

ხელნაწერთა ფონდში ასევე მოხვადა სხვა ცნობილი მეცნიერების ხელნაწერებიც: ცნობილი ქართველი ენათმეცნიერის, ქუთაისის მკვიდრის ქეთევან ძოწენიძის ოჯახმა ბიბლიოთეკას საჩუქრად მეცნიერის პირადი არქივი უსახსოვრა, რომელშიც უნიკალურ გამოცემებთან ერთად დაცულია ქართველი ენათმეცნიერების შოთა ძიძიგურის, პროკლე კეკელიძის, გიორგი ახვლედიანის, აკაკი შანიძის, ილია აბულაძის, ანტონ კიზირიას, ქეთევან ლომთათიძის, სერგი ჟღენტის, მიხეილ ალავიძის და რაფიელ შამელაშვილის ავტოგრაფები.

ფონდშია აგრეთვე – 1888 წელს თბილისში ზაქარია ჭიჭინაძის მიერ გამოცემული „ქართული სწორმეტყველება“, 1894  წელს დავით ჩუბინაშვილის მიერ სანკ-პეტერბურგის საიმპერატორო მეცნიერებათა აკადემიის ტიპოგრაფიაში გამოცემული „ცნობები ქართული დამწერლობის შესახებ“, 1908  წელს აქვე დაბეჭდილი ნიკო მარის: „ძველი ქართული ენის გრამატიკის ძირითადი ნორმები“.